【画像つき】インボイス登録番号の取得方法｜個人事業主のe-Tax申請を5ステップで解説

「インボイス登録、やると決めたけど…e-Taxの公式マニュアル、長すぎませんか？」

そんな声を、最近よく聞きます。

私自身は前回の記事でお話ししたとおり、クライアントとの交渉で登録せずに済んだ立場です。

ただ、FP1級として相談を受けるなかで
「登録を決めたものの手順で詰まった」という声が驚くほど多く、知人の副業フリーランスからも先日同じ相談を受けました。

そこでこの記事では、国税庁マニュアルを整理しながら、つまずくポイントだけ抜き出して5ステップに圧縮した実践ガイドをまとめます。

画面どおりに進めれば、最短30分で登録申請は完了します。

相談者

「e-Taxの画面って、項目が多すぎて何から触ればいいか分からなくて…」

みる

「最初の関門ですよね。準備物さえ整えれば、申請自体はシンプルですよ」

この記事のスタンス

本記事は「登録すると決めた人」向けの実践ガイドです。
制度そのもの・登録すべきかの判断は、過去記事にまとめてあります。

▼制度の基礎から確認したい方はこちら

▼登録すべきかまだ迷っている方はこちら

まずは登録の流れをざっくりおさらい

「インボイス登録番号って、どうやって発行されるの？」

申請の手順に入る前に、登録番号取得までの全体像を30秒で押さえておきましょう。

申請から登録番号取得までの全体像

インボイス登録番号（T+13桁）は、税務署に「適格請求書発行事業者」として登録された人だけに発行される番号です。

流れはシンプルで、この4段階だけ。

申請方法は「e-Tax」と「郵送」の2種類

申請には2つの方法があります。

スクロールできます

申請方法	通知までの期間	おすすめ度
e-Tax（オンライン）	約1ヶ月	◎
郵送（書面）	約1.5ヶ月	△

結論、特別な事情がなければe-Tax一択です。

理由は3つ。

登録通知書が電子データで届く
（紙は再発行不可、e-Taxは安心）
通知までの期間が郵送より約2週間短い
入力漏れを画面が指摘してくれる
（郵送は不備で返送されることも）

本記事ではe-Taxでの申請手順に絞って解説します。

申請前に準備しておく3つのもの

e-Taxで申請を始める前に、これだけは手元に揃えておきましょう。

ここで止まるとモチベーションが下がるので、先に全部用意するのがコツです。

①マイナンバーカード（必須）

e-Tax申請には、本人確認のための電子証明書が必要です。個人事業主の場合、マイナンバーカードがそれを兼ねています。

相談者

「通知カードしか持ってないんだけど…」

みる

「通知カードはNGです。e-Tax申請なら必ず『マイナンバーカード』を発行しておいてください」

②利用者識別番号（16桁）

e-Taxを利用するための16桁の番号です。

すでにe-Taxで確定申告などをしたことがある人は、過去に取得した番号をそのまま使えます。
未経験の人も心配無用。

e-Taxソフト（WEB版）にマイナンバーカードでログインすれば、その場で発行されます。

事前に税務署へ行く必要はありません。

③登録希望日の決定

実は地味につまずきやすいのが、ここ。

登録希望日は、申請書送信日から
「15日以降」の日付しか指定できません。

例えば11月1日に申請するなら、登録希望日は最短で11月16日以降。
「明日からインボイス発行したい！」は不可能なので、取引先との取り決めがある場合は逆算して申請しましょう。

▼そもそも自分が課税事業者になるか確認したい方

e-Taxでの申請手順【5ステップ】

ここからが本番。準備が整ったら、5ステップで一気に申請します。

STEP

e-Taxソフトにログイン

国税庁の「インボイス制度特設サイト」から、「申請手続」→「e-Taxソフト（WEB版）」へ進みます。

スマホの場合は事前に「マイナポータル」アプリのインストールが必要です。

ログイン画面でマイナンバーカードを読み取り、利用者識別番号がない人はその場で発行されます。

STEP

「適格請求書発行事業者の登録申請書」を選択

ログイン後、メニューから「申告・申請・納税」→「新規作成」と進み、「適格請求書発行事業者の登録申請書（国内事業者用）（令和5年10月1日〜令和12年9月29日）」を選択します。

さやか

似た名前の書類がいっぱいあって、どれか分からなくなりそう…

みる

「『国内事業者用』『令和5年10月〜令和12年9月』この2つの条件で見分けてください」

STEP

事業者情報・登録希望日を入力

ここがメインの入力作業。とはいえ、ほぼ画面の質問に答えていくだけです。

入力項目は主に：

氏名・住所・生年月日・マイナンバー
事業者区分（課税 or 免税）
登録希望日
通知方法
（e-Taxによる電子データ受取がおすすめ）

免税事業者から課税事業者になる場合、追加の入力欄が出ます。
画面の指示どおり進めれば自動で適切な様式になるので、過剰に身構えなくてOKです。

STEP

入力内容の確認・電子署名・送信

入力が終わったら、内容確認画面が出ます。

特にチェックしたいのは：

氏名・住所の漢字／カナの表記ゆれ
登録希望日
（送信日から15日以降になっているか）
マイナンバーの入力ミス

問題なければ、マイナンバーカードで電子署名し、送信。送信後すぐに「受信通知」が届きます。

STEP

メッセージボックスで受信通知を確認

送信完了後、e-Taxの「送信結果・お知らせ」→「メッセージボックス」に「受信通知」が届きます。

これは「申請を受け付けました」という通知。 登録番号自体は、約1ヶ月後に同じメッセージボックスへ「登録通知書」として届きます。

相談者

「受信通知＝登録完了じゃないってこと？」

みる

「そうなんです。受信通知は『受付けた』だけ。本物の登録番号は1ヶ月後の登録通知書を待ちましょう」

申請後に詰まりやすい3つのポイント

ここからはFPとして相談を受けるなかで、特に多いつまずきポイントを共有します。

知人もここで戸惑っていたので、先回りで把握しておくと安心です。

①登録通知データは早めに保存しておく

e-Taxで受け取った登録通知データは、メッセージボックス内に約5年（1,900日）で自動消去されます。

紙の通知書は原則再発行されないので、

PDFで自分のPCに保存
印刷して紙でも保管
クラウドにバックアップ

このうち最低でも2つはやっておきたいところです。

②取引先への番号通知タイミング

登録番号が届いたら、課税事業者の取引先には早めに連絡しておきましょう。

通知方法に決まりはありませんが、

登録後の最初の請求書に記載する
メールで番号を案内する
両方やる（おすすめ）

このいずれかが一般的です。

相談者

「請求書に書いておくだけじゃダメなんですか？」

みる

「ダメではないですが、取引先は事前に経理マスターを更新したいケースが多いんです。先に連絡しておくと喜ばれますよ」

③登録日からインボイス発行可（過去には遡れない）

意外と見落とされるのが、「登録日からしかインボイスは発行できない」というルール。

例えば11月20日が登録日なら、11月19日以前に発行した請求書は適格請求書として認められません。

月の途中に登録日が来ると、その月の請求書は「登録日前後で分ける」必要が出るケースもあります。
取引先と請求サイクルを確認のうえ、登録希望日を決めるのがおすすめです。

登録後にやるべき経理体制の整備

登録番号が届いたら、すぐにやっておきたい3つのことがあります。

申請がゴールではなく
ここからが課税事業者としてのスタートです。

請求書フォーマットの更新

インボイス（適格請求書）として認められるには、以下6項目の記載が必要です。

発行者の氏名・名称
登録番号
取引年月日
取引内容（軽減税率対象か明示）
税率ごとの合計額
受領者の氏名・名称

WordやExcelテンプレを使っている人は、登録番号欄を追加するだけ。

請求書発行サービスを使っている人は、設定画面で登録番号を登録すれば自動反映されます。

消費税の申告に備えた会計ソフト

課税事業者になると、所得税の確定申告に加えて「消費税の確定申告」が必要になります。

手計算は現実的ではないので、消費税申告に対応した会計ソフトの導入を強くおすすめします。
代表的なのは、マネーフォワード・弥生・freeeあたり。

どれを選んでも消費税申告には対応していますが、自分の事業規模・操作の好みで選ぶのが基本方針です。

計算方式（本則 or 簡易課税）の選択

消費税の計算方式は2種類あり、有利な方を選ぶことで納税額が変わります。

▼どっちが得か気になる方はこちら

特例期間中は2割特例で済むため判断は急がなくていいですが、特例終了後を見据えて早めに知っておきたいところです。

よくある質問

申請内容を間違えて送信してしまったら？: 送信後に気づいた場合は、管轄の国税局インボイス登録センターに電話で相談しましょう。送信前ならe-Tax上で修正できます。
スマホだけで申請できる？: 国内の個人事業主なら可能です。マイナンバーカード読み取り対応のスマホ＋マイナポータルアプリがあれば、すべてスマホで完結します。
登録の取り消しはできる？: 「適格請求書発行事業者の登録の取消しを求める旨の届出書」を提出すれば可能です。ただし提出タイミングに注意が必要で、原則として登録から最低2年間は課税事業者を続ける義務があります。
登録通知書を紛失したら？: 紙の通知書は再発行されません。e-Tax申請ならメッセージボックスから再確認できますが、これも約5年で自動消去されるので早めの保存が必須です。